Le Lot prend sa source dans le département de la Lozère, à 1272 m d'altitude, dans la Montagne du Goulet. Après un parcours de 160 kilomètres globalement orienté est-ouest, le Lot reçoit la Truyère en rive droite à Entraygues-sur-Truyère, dans le département de l'Aveyron, à 228 mètres d'altitude.

Au niveau de cette confluence, qui constitue la limite aval du périmètre du SAGE, le Lot draine une surface de 2 183 km². L'ensemble du réseau représente 1 413 km de cours d'eau permanents auxquels s'ajoutent jusqu'à 576 km de cours d'eau temporaires.

Le réseau hydrographique du Lot Amont est marqué par une dissymétrie importante : la majorité des affluents proviennent de la rive droite, le chevelu en rive gauche est peu dense et constitué de cours d'eau de faible extension.